工程项目全过程跟踪审计是指在工程实施阶段，审计部门或其委托的中介机构根据现行的法律法规和有关规定，运用科学的管理方法和切合实际的审计依据，对工程投资实施动态的、主动的控制。全过程跟踪审计由竣工决算事后的静态审计，发展到“驻场动态审计”，使审计监督覆盖了从工程招标、合同签订、设计、变更、设备材料的进出、隐蔽工程确认，直到工程款支付的全过程。要全面有效地控制工程造价并及时纠正项目进展过程中可能发生的偏差，取得社会效益与投资的最优化、就有必要对影响工程造价的各阶段实施全过程的控制，将可能的问题处理在萌芽状态，达到基建审计的目的。建设项目的规模越大，建设工程造价控制越应贯穿于项目的全过程。审计部门的事前加入、全程跟踪，能及时提供有关信息，为领导决策提供依据。
全过程跟踪审计的主要内容包括项目建设前期阶段审计、项目建设实施阶段审计、项目竣工决算阶段审计、项目完工审计评价建设结算审计、项目建设实施阶段审计、项目竣工决算阶段审计、项目完工审计评价等阶段。
（2）审查工程施工合同。一是审查合同的合法性。合同的内容和文本格式是否符合现行的有关法律法规、政策、和工程招标文件的精神。二是审查合同的合理性。语言文字是否精炼、规范、严谨，重点避免日后索赔的伏笔；有关条款的描述是否清晰；工程费用和计算数据是否有误差；有关合同附表、附录、和签章手续是否齐全。三是对合同中存在的疏漏问题进行分析，判断其对造价的影响并提出相应的建议。
（3）审查项目法人内控制度建立情况。审查法人是否建立健全了各项内控制度，如工程签证、验收制度，设备材料采购、价格控制、验收、领用、清点制度及办公制度等。督促、指导建立完善的管理制度，保证项目建设规范运行，建设资金合法使用。
工程项目实施过程审计主要内容包括：工程项目管理相关职能部门内部控制制度的设置和落实情况评审，隐蔽工程现场核查，设计变更审查，合同履行审查，现场材料及设备变更的签证，材料 及设备价格调整的签证，工程索赔款审查，工程价款结算审查等。
（1）工程项目相关职能部门内部控制制度的设置和落实情况的评审。一是督促职能部门在工程项目实施过程中组织措施、经济措施、技术措施和合同措施以保证工程项目按预算或概算投资执行；二是督促职能部门事先编制好施工过程的资金使用计划，确定、分解投资控制目标，进行投资跟踪控制，定期进行投资实际支出与计划目标值得比较。发现偏差及时采取纠正措施。
（2）隐蔽工程现场核查。
主要检查隐蔽工程的真实性、准确性。一是参与工程项目基础事物工程量的收方，检查是否按有关规定进行收方，核实实物工程量；二是参与土石方成份及外运运距的确认，检查是否按有关规定进行认定，核实土石方成份及外运运距；三是审查隐蔽工程资料是否真实、准确、完整。
（3）设计变更审查
主要审查工程项目设计变更价款的合理性和准确性。一是审查设计变更的处理程序是否符合规定，手续是否完备；二是审查设计变更的内容及作业数量是否真实；三是审查审计变更价款的合理性和准确性。分析变更对造价的影响，并核定承包人因设计变更造成的费用增减，对必要的变更进行技术经济比较，选择经济合理的技术措施，力求减少变更费用，以避免不合理支出。
（4）合同履行审查。一是合同是否按规定的条款执行，有无更改合同的行为；二是了解因安全施工、不可抗力、合同分包、工程转包、技术工艺、文物或障碍物等事件对合同履行所产生的影响，以及由此带来的合同变更情况；三是审查合同价款的变更或增减费用的合理性、合规性和合法性。
（5）工程索赔审查。一是审查工程索赔是否有合同依据、是否提供原始资料，索赔手续是否完备；二是审查索赔内容是否合理，索赔款计算是否正确；三是审查索赔费用的合理性和准确性。
（6）设备、材料价格的审查。重点审查设备、大宗材料价格的询价与核定工作，以及参与采购招标活动。对设备、大宗材料的价格提出核定意见。对项目中特殊材料、设备市场价进行征询。
（7）工程价款结算审查。根据工程合同规定的工程价款结算方式，结合工程进度及预付款项和工程监理情况，审查经工程项目管理部门签证的工程价款结算账单，提出资金拨付意见。
（1）全面掌握项目的批复立项资料、设计资料、历次调整概算的资料、相关的合同及结算资料、工程进度资料、初步验收资料和工程竣工决算报告等，在对项目工程整理设计与施工有一个系统、完整认识的基础上，审查上述经济资料是否属于该项目，审查竣工工程内容是否按合同要求全部完成并及时办理了工程决算，审查实际施工中出现的设计、合同、施工企业等情况的变更资料、以及工程、隐蔽工程检查验收等各种签证是否真实、完整，变更的内容是否符合客观实际。查看现场与资料是否相符。
（2）充分利用前期审计已掌握的资料和数据，在施工单位提供的决算数据基础上匡算各项工程造价和材料消耗指标，广泛运用分析性复核的方法确定审计重点并进行详细的审查，具体可以从工程量计算是否正确，工程定额的套用是否存在错套或高套现象，材料用量及价差的合规、合理性，取费程序的合法、合规性等方面进行。
首先，跟踪审计人员必须常驻施工现场，参加被审计单位的定期例会，及时了解、掌握项目的有关情况，提出审计意见，并做好会议记录。参加工程例会，参与工程相关的一切招投标活动。同时做好审计宣传工作，使被审计单位了解跟踪审计的程序、内容及应配合的要求自觉接受审计。另外，审计人员应熟悉工程招投标文件、施工合同及工程施工图纸，对合同和招投标文件中未明确的部分应及时指出，督促建设单位进行明确界定。
其次，应对设计变更、施工现场签证和材料价格进行确认。一是设计变更确认；二是施工现场签证确认；三是要求审计人员现场核实变更的工程量，在隐蔽工程覆盖以前进行现场核实；四是收集每个时段的市场信息价格，并作充分的市场调查，对于特殊材料或审计员认为有必要的材料进行现场留样，以便结算时进行核对。
最后，收集相关资料。一是收集工程施工过程中的所有工程资料加以备份，包括工程变更资料，材料合格证及样本，现场测量的照片等，并按类别整理编号，避免添加涂改等现象。二是按时做好跟踪审计工作日记，注意原始资料的积累，为补充定额及正确处理可能发生的纠纷、索赔提供原始数据。三是应建立跟踪审计项目台账，及时登记审计时间、工作纪实，包括工作内容、审计事实、发现问题、审计意见、整改情况、审计成果。
审计人员必须具备工程技术、经济、法律等多方面的知识，同时还应具备较强的现场沟通、协调的能力。良好的文字编写能力、计算机应用技能，这样才能更好地提供全方位服务。由于审计工作底稿随时都有可能作为法庭证据，因此审计人员必须深入现场收集资料，取证要准确，工作要全面彻底，要站在客观公正的立场上对待每个环节，注意调查研究。不得有个人色彩。
工程项目跟踪审计是一项知识面广、综合性强的工作。因此，审计完毕要认真地研究总结，不仅要总结工作的方法方式，审计中还存在哪些技术问题，以后如何进行改进，如何协调与建设方、监理方、施工方的工作关系以及他们有什么好的建议，而且还要探讨项目管理中存在的问题和不足，分析共性问题；要不断地进行探索，不断完善跟踪审计工作。要形成工作制度，这对减少审计风险，提高审计质量及审计工作水平意义重大。
因为工程项目跟踪审计过程较长，工作中的底稿、照片等资料要特别注意保存，要建立审计复核制，审计责任追究制。